Emre Keskin

Ekosistemdeki türlerin DNA temelli yöntemler kullanılarak çevresel örneklerden (toprak örnekleri, su örnekleri, bentik sediment örnekleri, balast suları vb.) tespit edilmesi, biyoçeşitliliğe yönelik uygulanan yönetim planları bakımından günümüzde en büyük yenilik olup, hızla yaygınlık kazanmaktadır. Birden çok taksonun kompleks ve degrede bir DNA kaynağından, DNA barkodlarından daha kısa nükleotid dizilerini hedef alan belirteçler kullanılarak tanımlanması bu konuda ulaşılan en son bilimsel yenilik olup, bu yöntem “eDNA barkodlama” şeklinde isimlendirilmiştir.

Bu proje kapsamında, biyoçeşitlilik ve moleküler ekoloji alanında en son yöntem olan eDNA çalışmaları için, örnekleme kaynağı ve hedef organizmalara göre optimize edilerek tasarlanacak, “Yeni Nesil eDNA Barkodlama Kiti” geliştirilmesi hedeflenmektedir. Bu amaç doğrultusunda:

eDNA çalışmalarında en çok kullanılan iki örnekleme kaynağı olan su ve toprak örneklerine spesifik iki farklı örnekleme paketi,

eDNA için en uygun miktar/kalite dengesini sağlayacak ve çevresel örneklerdeki inhibitörlere göre tasarlanmış eDNA izolasyon paketi,

Hayvan, bitki, fungus ve protistlere spesifik (alem/şube/sınıf/takım/familya/cins/tür) konvansiyonel PCR primerleri ve RT-PCR primer/probları ile metabarkodlama çalışmaları için gerekli evrensel primer ve problardan oluşan oligonükleotid paketi,

Elde edilen mini-barkodların tür seviyesinde tanımlanması için gerekli referans dizileri içeren gen bankalarına ve proje ile birlikte oluşturulacak olan eDNA mini-barkod veri tabanına tek bir arayüz üzerinden erişim sağlayacak kullanıcı arayüzü oluşturulması ve bunların birlikte veya ihtiyaca göre paketler halinde ürüne dönüştürülmesine yönelik Ar-Ge çalışmaları yapılacaktır. Bu Ar-Ge çalışmaları sonunda ortaya çıkarılması planlanan “Yeni Nesil eDNA Barkodlama Kiti” ile bu biyoteknolojik ürünün ülkemiz ekonomisine kazandırılması ve dünyada henüz gelişmekte olan eDNA pazarına girilmesi planlanmaktadır.

Ministry of Science Industry and Technology

2015-2016